当前报道:国内首款|奶绵羊育种专用芯片【奶绵羊20K功能位点液相育种芯片】正式发布
奶绵羊产业是奶业的重要组成,是高端传统特色乳业的代表性产业。绵羊奶的营养价值高,适合加工高端乳制品。奶绵羊产业发达国家都培育出了适合本国生态特点的奶绵羊品种。我国奶绵羊产业处于兴起阶段,发展奶绵羊产业是中国北方地区发展特色农牧业,增加经济新动能的重要途径。
(资料图片仅供参考)
截至2022年底,国内各品种奶绵羊的存栏量预估为8~10万只。基于基因芯片检测方法的全基因组选择育种技术是培育我国具有自主产权的奶绵羊新品种的重要工具,助力发展我国特色奶绵羊产业的种业振兴。
西北农林科技大学动物科技学院和甘肃元生中新奶绵羊产业研究院宋宇轩研究员团队,共采集了奶绵羊全血样品11812个,收集整理奶绵羊产奶量、产羔数、抗病力等表型数据121661条,选择其中表型数据准确齐全、符合正态分布的1257只羊进行全基因组重测序(数据量达37.3Tb)。
本芯片以产奶性状为研究核心,同时考虑多种关键性状相结合的综合指标选育思路进行芯片位点的选择。通过东佛里生奶绵羊与其他非乳用羊品种的全基因组选择信号分析,以及奶绵羊产奶量、产羔数、初生重、断奶重、抗病力、乳房炎性状的全基因组关联分析(GWAS)筛选出重要的功能关联位点,同时添加已报道的产奶性状功能基因相关位点,最后在基因组染色体上有位点缺口(gap)区域补充遗传多态性高的背景位点,采用博瑞迪GenoBaits®技术体系优化形成奶绵羊20K功能位点液相育种芯片。
产品特点及优势
产品位点组成特点
奶绵羊20K功能位点液相育种芯片是研究团队对东佛里生奶绵羊进行全基因组重测序,并下载NCBI数据库中的东佛里生奶绵羊以及非乳用绵羊品种的全基因组重测序数据,以相同且严格的质控条件处理所有数据后,使用选择信号分析(Fst、iHS和π ratio)筛选出产奶性状受选择的重要位点共6105个。另一方面,团队基于详实的表型数据(产奶量、产羔数、初生重、断奶重、抗病力、乳房炎)和1257只奶绵羊10X全基因组重测序数据的全基因组关联分析(GWAS)筛选出奶绵羊关键经济性状的功能关联位点共6379个,并且汇总了已报道的编码乳蛋白或与乳成分性状相关基因中MAF≥0.35的外显子区域突变位点47个,最后在基因组染色体上有位点缺口(gap)区域补充遗传多态性高(MAF≥0.35)的背景位点,优化形成奶绵羊20K功能位点液相育种芯片(表1)。
表1 奶绵羊20K功能位点液相育种芯片位点组成及分布数量
产品优势
1.选育目标明确
以产奶性状作为育种应用的重点方向,本产品可快速高效检测奶绵羊产奶等主要经济性状相关SNPs位点,可进行分子标记辅助育种;同时利用GBLUP等模型计算种羊全基因组估计育种值(GEBV),提高奶绵羊选育的效率和准确性。
2.在分子育种方面应用性强
本产品可应用于奶绵羊全基因组选择育种、建立种羊基因身份证、分子标记辅助选择等场景,为加快我国奶绵羊新品种精准培育提供了重要的分子育种检测方案。
产品数据表现
图1 SNPs位点在基因结构上的位点分布数量
图2 SNPs位点在基因组上的位点密度分布
团队介绍
西北农林科技大学奶羊产业技术创新团队有4名教授、1名副教授、1名讲师,主要从事奶羊的新品种培育、良种繁育、健康养殖、智能化管理、功能羊奶开发等方面的教学和科研工作。团队成员先后主持国家级和省部级科研项目16项,发表科研论文125篇,主编出版专著6部,获批国家发明专利15件,制定地方标准12项,获得省部级科技成果一等奖7项。团队在国内率先开展“奶绵羊新品种培育”工作,创新性利用东佛里生奶绵羊与湖羊进行级进杂交,目前育种群数量达到4.3万只。团队成员宋宇轩研究员、张磊副研究员、安小鹏研究员、博士生李丹妮、硕士生赵雪洋、王钰晨、刘楠等全程深入参与本款奶绵羊20K功能位点液相育种芯片的研发工作。
致谢
感谢甘肃元生农牧科技有限公司张希云总经理、詹建华总监、赵鹏善场长等工作人员的辛勤工作!感谢西北农林科技大学姜雨教授、李冉副教授,新西兰AbacusBio公司Gertje Petersen博士等的技术支持!感谢金昌市人民政府、杨凌畜牧产业技术创新中心等单位的大力支持!
关于博瑞迪
博瑞迪生物是一家专注干动植物分子检测和育种相关技术开发与应用的创新型企业,致力于为我国种业发展提供高通量、低成本的精准基因型分型和分子检测技术,推动我国动植物育种技术从传统向分子的跨越发展。
公司自主研发的GBTS靶向测序基因型分型检测技术(Genotypingby Target Seguencing,GBTS)拥有高度自主知识产权,具有优质、低价、定制灵活、无样品起始量限制等特点,是育种家用得上、用得起、用得好的技术。
公司成立以来共完成300多款分子检测产品的开发,覆盖作物、畜牧、水产等100多个物种,为500多个育种团队提供社会化检测服务,累计检测样本超70万份。
通讯员:张 磊
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